Mots-clés
Microbiote, physiologie des invertébrés, stress environnementaux
Résumé
Depuis l’an 2000, la Directive Cadre européenne sur l’Eau impose aux pays de l’Union Européenne une reconquête de la qualité de l’eau et des milieux aquatiques. Afin d’atteindre cet objectif, il est indispensable d’avoir une meilleure connaissance des milieux dulcicoles, via notamment des diagnostics de l’état de santé des organismes aquatiques. Différents outils sont disponibles, tels que l’utilisation d’organismes « sentinelles » ou bioindicateurs. Les bivalves dulcicoles Dreissena sp., retrouvés dans de nombreux cours d’eau, font partie des organismes les plus couramment utilisés pour ce type d’approche. Ils filtrent de grandes quantités d’eau pour se nourrir, contribuant à l’élimination de microorganismes (MO) et à la bioaccumulation des polluants présents dans la colonne d’eau. Toutes les interfaces entre les animaux et le milieu extérieur sont colonisées par des communautés microbiennes (microbiote). Le système digestif est l’un des tissus les plus riches en MO. Le microbiote du système digestif est un écosystème dynamique et chez les animaux aquatiques filtreurs, sa composition est fortement dépendante des MO de la colonne d’eau. Ces MO peuvent être pathogènes pour l’hôte mais peuvent aussi intervenir dans plusieurs processus vitaux. Une vision holistique des organismes, intégrant telle une chimère l’hôte et ses microbiotes (concept d’holobionte), est donc nécessaire pour comprendre leurs réponses face aux stress environnementaux. Malgré l’importance des bivalves dulcicoles Dreissena sp. en bioévaluation, les données sur les relations entre ces bivalves et leur microbiote digestif manquent cruellement. Le microbiote de la glande digestive est un écosystème complexe et dynamique dont la composition est dépendante de la biodiversité en MO de la colonne d’eau et des relations MO/hôte. Il est donc important d’analyser un grand nombre d’individus prélevés dans des conditions contrastées (saisons, qualité de l’eau) pour définir le noyau phylogénétique et le noyau fonctionnel du bactériote de la glande digestive.
L’accès à la nourriture est essentiel au maintien des populations animales. L’énergie acquise via l’alimentation conditionne les compromis énergétiques pour les différentes fonctions vitales. L’alimentation joue un rôle clé sur de nombreuses fonctions physiologiques y compris sur le microbiote intestinal. L’étude de l’influence de la nutrition et de la contamination sur le microbiote de Dreissena sp. en conditions contrôlées de laboratoire permettra d’initier les connaissances sur les interactions hôte-bacteriote en présence de stress. Pour se faire, la diversité microbienne et l’état de santé global des organismes seront mesurés au lancement de l’expérimentation et après 4 semaines d’exposition. Les stress seront focalisés sur la présence/absence de nourriture combinée à une contamination métallique ou organique.
L’objectif de ce projet de recherche doctoral est d’améliorer les connaissances sur les interactions bactériote de la glande digestive / hôte chez un bivalve d’eau douce (Dreissena sp.). Ceci nécessite des études pour mesurer les effets du milieu (diversité et densité des MO de la colonne d’eau, polluants) sur la diversité bactérienne (bactériote) du microbiote digestif et sur la physiologie de l’organisme. Ces travaux seront réalisés dans le cadre d’un projet 'Eau & Santé' financé par l’Agence de l’eau.