Soumis par assosefa le jeu 09/07/2020 - 22:05
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Résumé

Laboratoire d’accueil : INRAE, UR RiverLy, Laboratoire d’écotoxicologie, Lyon-Villeurbanne. www6.ara.inrae.fr/lyon-riverly-ecotox

Laboratoire associé : Li2D, CEA Marcoule, Bagnols sur Cèze

Contact : Arnaud Chaumot arnaud.chaumot@inrae.fr;  Davide Degli Esposti davide.degli-esposti@inrae.fr

Mots-Clefs : Omique comparative, RNASeq, Protéomique, Ecotoxicologie, Biomarqueurs, Phylogénie, Annotation, Bioinformatique

Dans le cadre de l'évaluation de la qualité environnementale, l'un des défis actuels de l’écotoxicologie est d'évaluer les effets toxiques pour l’ensemble des taxons des écosystèmes, en intégrant notamment l'hétérogénéité inter-espèces de la sensibilité aux contaminants. Cette hétérogénéité s'explique en partie par la diversité des systèmes moléculaires qui ont émergé au cours de l'évolution des espèces. Les gammaridés illustrent pleinement cette problématique. En effet, ils sont aujourd’hui considérés comme des espèces modèles incontournables en écotoxicologie pour la surveillance des milieux d’eaux douces. Plus largement, les amphipodes constituent un groupe majeur de la diversité animale aquatique. Cependant, la divergence évolutive de ce groupe par rapport aux espèces dites modèles en biologie moléculaire empêche encore aujourd’hui une compréhension mécaniste des effets toxiques des contaminants chimiques chez ces espèces, ou encore de leurs capacités d’adaptation aux expositions chroniques. De plus les connaissances de la variation génétique au sein du genre Gammarus sont complexes (existence de nombreuses espèces cryptiques), tout comme l'information sur les liens entre cette variation génétique et la sensibilité aux facteurs de stress dont la pression toxique. Dans ce cadre, notre consortium (INRAE CEA) a suivi une approche dite de protéogénomique qui a permis de constituer des ressources transcriptomiques et protéomiques uniques permettant aujourd’hui d’envisager une exploration approfondie de la diversité moléculaire fonctionnelle de cette famille de crustacés.

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